Statistični urad RS namenja varstvu osebnih podatkov - in s tem varovanju informacijske zasebnosti posameznika - ključno mesto.

Poglavitno prednost registrskega načina izvedbe popisa predstavlja način zbiranja podatkov (povezava obstoječih statističnih in administrativnih zbirk podatkov). Informacijska zasebnost posameznikov je strogo varovana od postopka prevzemanja podatkov iz administrativnih virov, nadaljnjega povezovanja in obdelave podatkov do objave podatkov, in to zaradi upoštevanja načela statistične zaupnosti v vseh fazah dela. Podatki, ki se objavijo, pa se objaviljo le v agregatni podatki, iz teh pa ni mogoče prepoznati posameznih popisnih enot).

K varovanju podatkov o posameznikih je Statistični urad RS zavezan že na podlagi Zakona o varstvu osebnih podatkov (Uradni list RS, št. 94/07 – ZVOP-1-UPB1). Poleg tega varstvo podatkov nalaga v 43. členu tudi Zakon o državni statistiki, in sicer vsem zaposlenim na Statističnem uradu RS, ki so dolžni varovati vsebino osebnih in individualnih podatkov, za katere izvedo pri svojem delu. V ta namen vsak zaposleni podpiše posebno izjavo, s katero sprejme tudi odškodninsko in kazensko odgovornost za kakršno koli nepooblaščeno ravnanje s podatki. Dolžnost varovanja uradne tajnosti traja tudi po prenehanju delovnega razmerja.

Poleg navedenega pa vsak zaposleni, ki obdeluje osebne oz. individualne podatke v okviru svojih delovnih obveznosti, te obdeluje le na podlagi posebnega pooblastila, s katerim ga generalni direktor Statističnega urada RS posebej pooblasti za obdelavo takšnih podatkov, ter na podlagi podpisa posebne izjave o varovanju takšnih podatkov.